基因数据处理50之cs-bwamem、bwa、snap、bwa-mem与art比较

直接看结果：

（1）art仿真数据：

hadoop@Master:~/cloud/adam/xubo/data/GRCH38Sub/cs-bwamem$ cat G38L100c50Nhs20.aln 
##ART_Illumina read_length 100
@CM art_illumina -ss HS20 -i GRCH38chr1L3556522.fna -l 100 -c 50 -o G38L100c50Nhs20 -rs 1464918709
@SQ chr1  AC:CM000663.2  gi:568336023  LN:248956422  rl:Chromosome  M5:6aef897c3d6ff0c78aff06ac189178dd  AS:GRCh38  248956422
##Header End
>chr1   chr1-50 93465784    +
TTCCACAATAGTTGAACTAATTTACAGTCCCACCAACAGTGTAAAAGTGTTCCTATTTCTCCACATCCTCTCCAGCACCTGTTGTTTCCTGACTTTTTAA
TTCCACAATAGTTGAACTAATTTACAGTCCCACCAACAGTGTAAAAGTGTTCCTATTTCTCCACATCCTCTCCAGCACCTGTTGTTTCCTGACTTTTTAA
>chr1   chr1-48 228133745   +
ATCATTGTATGCCACAGAAATAATTAAATTTCCTTGTCAACTGAGACATTATTATTAGGCACTCTCACCAGATCTTTACCCATGGCCATTTAAAGTGTGG
ATCATTGTATGCCACAGAAATAATTAAATTTCCTTGTCAACTGACACATTATTATTAGGCACTCTCACCAGATCTTTACCCATGGCCATTTAAAGTGTGG
>chr1   chr1-47 13772987    +
TTCAGTAATTCAGAATAACACATGAGGGAATGAATGAATGAATAAATAAAAAAAAAATGAATGAATAAATTAAAAAAAATTGTGTTTCAGGGAAGAAAAA
TTCAGTAATTCAGAATAACACATGAGGGAATGAATGAATGAATAAATAAAAAAAAACTGAATGAATAAATTACAAAAAATTGTGTTTCAGGGAAGAAAAA
>chr1   chr1-46 211481565   -
ATCCCGATCAGGAACCTGGTGCTCTTCCCCGGCTCTCCCAACTTGGGCAAAGTTGGAGGGGTCCTGAGGCCCGGCGGGCCGGGGAACAGGACCCCGACCC
ATCCCGATCAGGAACCTGGTGCTCTTCCCCGGCTCTCCCAACTTGGGCAAAGTTGGAGGGGTCCTGAGGCCCGGCGGACCGGGGAACAGGACCCCGACCC
>chr1   chr1-45 29056656    +
CTGGGATTACAGGTGCCCGCCACCATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTGGTAGAGACAAGGTTTCACCATGTTGGCCGGGATTGTCTCGAACTCCTGAT
CTGGGATTACAGGTGCCCGCCACCATGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTGGTAGAGACAAGGTTTCACCATGTTGGCCGGGATTGTCTCGAACTCCTGAT
>chr1   chr1-44 49993892    +
CAATTTAGCCAAAACTGGCTAATCCTTTTACCAGAATCATTCCCATTGTTCAAGACCTATTTTAAGCTCCACTATCACCATAAAACTTTCCCGATCAGTT
CAATTTAGCCAAAACTGGCTAATCGTTTTACCAGAATCATTCCCATTGTTCAAGACCTATTTTAAGCTCCACTATCACCATAAAACTTTCCCGATCAGTT
>chr1   chr1-43 54241817    -
TTGCAGACCTTTTATTGATTGTGAAATAACCCAAGAGAACACACATGGAACCATTTTTAAAGTATCATCAAATTTAAATATGATATTATTAAAACATATT
TTGCAGACCTTTTATTGATTGTGAAATAACCCAAGAGAACACACATGGAACCATTTTTAAAGTATCATCAAATTTAAATATGATATTATTAAAACATATT
>chr1   chr1-42 35706202    +
CAGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCACGTGCCACCATGCCTGGCAATTTTTGTATTTTTAGTACAGATGGGG
CAGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAGTAGCTGGGATTACAGGCACGTGCCACCATGCCTGGCAATTTTTGTATTTTTAGTACAGATGGGG
>chr1   chr1-41 92473985    -
GGTGGGCCCATACACACAGGCACCAGGATATACCCCCGCCTGCATCCACATGGACACGTGCCCACGTTGCATGTACACGCAGACCTGCCTATGCACACAC
GGTGGGCCCATACACACAGGCACCAGGATATACCCCCGCCTGCATCCACATGGACACGTGCCCACGTTGCATGTACACGCAGACCTGCCTATGCACACAC
>chr1   chr1-40 27177039    -
GAACCATTTGGCTGAGCCCAGCACTCTGCCCATGGTCCATGCACCCCTTGACCCTGACATCAGCAAAGCAGTCCCCATCACCAAAGTGCTATGTGCCATG
GAACCATTTGGCTGAGCCCAGCACTCTGCCCATGGTCCATGCACCCCTTGACCCTGACATTAGCAAAGCAGTCCCCATCACCAAAGTGCTATGTGCCATG
>chr1   chr1-39 245060718   -
TCTTGACATTTTGGAGTTGACACCTTGGAGGTGGTTAATCCATGACGAAACTGAAGCTAAGCCGATCTCATGTTTTGACTCCTGTCAATCCGGAGAGGAC
TCTTGACATTTTGGAGTTGACACCTTGGAGGTGGTTAATCCATGACGAAACTGAAGCTAAGCCGATCTCATGTTTTGACTCCTGTCAATCCGGAGAGGAC
>chr1   chr1-38 215781397   -
TACATATACATATACATATACATACATGTGTGTGTGCATATATATGTATATGTGTGTATATATATATATATATATATATACACACATATATGTATGTGTG
CACATATACATATACATATACATACATGTGTGTGTGCATATATATGTATATGTGTGTATATATATATATATATATATATACACACATATATGTATGTGTG
>chr1   chr1-37 42831546    -
AACAACGTATGTCCACACAAAAACTTGCACATGAATGTTCACTAGCAGCATTATTTGTAACCTGCCCAAGGTGGAAACAACCCAAATGTCTATTGACTGA
AACAACGTATGTCCACACAAAAACTTGCACATGAATGTTCACTAGCAGCATTATTTGTAACCTGCCCAAGGTGGAAACAACCCAAATGTCTATTGACTGA
>chr1   chr1-36 181673625   +
TCCACTGCCCAGAAAGAGGACATCCCTTATAGGGCCAGCGGATGGAAGCCATGGGCTGGGCAGGACATTCCTGTCCCAACCCACATGGCAGCTAGAGTCC
TCCACTGCCCAGAAAGAGGACATCCCTTATAGGACCAGCGGATGGAAGCCATGGGCTGGGCAGGACATTCCTGTCCCAACCCACATGGCAGCTAGAGTCC
>chr1   chr1-35 96851543    -
GTTGTGACCTCCCAACCCCCACAGAGGTTCACGTGTTGAAGTCTTAACCCTCAGTACCTCAGAATGTAATCATATTTGAAGATATGGTATTTATAGAGGT
GTTGTGACCTCCCAACCCCCACAGAGGTTCACGTGTTGAAGTCTTAACCCTCAGTACCTCAGAATGTAATCATATTTGAAGATATTGTATTTATAGAGGT
>chr1   chr1-34 13267476    +
ATACAGGGAAGGTTTTAATCTGTTTCAGACATTAGAAATACATATATTTATATATGGTATCTTTATTGGAGAACCTTTGGCCACATCAAAAGTATCAAAA
ATACAGGGAAGGTTTTAATCTGTTTCAGACATTAGAAATACATATATTTATATATGGTATCTTTATTGGAGAACCTTTGGCCACATCAAAAGTATCAAAA
>chr1   chr1-33 48968232    +
GAATAGTAGGCAATAAACAAAGAGAGCAACTTAGGAGCCAGATCACATGTGGCCTCTCGAGCAATATGGTAAAAGTTCTGGACTTCATTCTAGGTGAATG
TAATAGTAGGCAATAAACAAAGAGAGCAACTTAGGAGCCAGATCACATGTGGCCGCTCGAGCAATATGGTAAAAGTTCTGGACTTCATTCTAGGTGAATG
>chr1   chr1-32 88980622    +
TAGTTCAGTAAACTATTTATCAAACAGGTGTCTGGTCATTTTAACATACTCCTTGCTTTGAACAATATTCATTCATATTTGGTACAAACTCTATATCCTA
TAGTTCAGTAAACTATTTATCAAACAGGTGTCAGGTCATTTTAACATACTCCTTGCTTTGAACAATATTCATTCATACTTGGTACAAACTCTATATCCTA
>chr1   chr1-31 21950729    -
TTCCCAAATTAACTAACTTCACCTAGGTTGTGAGTATTGCAGCGTCTTATTTCTAATCCCAGTACTACTATTGGTGTGAGTCAGTAAAGATGCCTGGTGA
TTCCCAAATTAACTAACTTCACCTAGGTTGTGAGTATTGCAGCGTCTTATTTCTAATCCCAGTACTACTATTGGTGTGAGTCAGTAAAGATGCCTGGTGA
>chr1   chr1-30 9852128 +
TGTGAAATGGAGTCAGCAGAGTGAGCCGGCCTCCACTCAGTGAGCCGGGTCTCCCCCACAGCCGGCATGTGCTGACCTCCTTCCAACTGCTCTACCAAGA
TGTGAAATGGAGTCAGCAGAGTGAGCCGGCCTCCACTCAGTGAGCCGGGTCTCCCCCACAGCCGGCATGTGCTGACCTCCTTCCAACTGCTCTACCAAGA
>chr1   chr1-29 92558892    -
CAGCCTGGGCAACATGGTGAAACCCCGTCTCTACTGAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCAGGTTCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGA
CAGCCTGGGCAACATGGTGAAACCCCGTCTCAACTGAAAATACAAAAATTAGCCGGGCGTGGTGGCAGGTTCCTGTAATCCCAGCTACTCGGGAGGCTGA
>chr1   chr1-28 191969685   -
ACATCACCTACTGGAATTGAAACATGGTTCCTAAGAATGGGCTCTCATGGCCAGGATCCAAAAGGAAGGCCATGGTTCCACAAGGAGACCTGTTCTGAGT
ACATCACCTACTGGAATTGAAACATGGTTCCTAAGAATGGGCTCTCATGGCCAGGATCCAAAAGGAAGGCCATGGTTCCACAAGGAGACCTGTTCTGAGT
>chr1   chr1-27 76941125    -
GGATATCAACAAACTGATTCTAAGTTTTGTATGGAGAAGCAAAGAGCCCAGGATAGCCAACACAATATAAAAGAAGAACAAAGCTGGAGGACTGACACCT
GGATATCAACAAACTGATTCTAAGTTTTGTATGGAGAAGCAAAGAGCCCAGGATAGCCAACACAATATAAAAGAAGAACAAAGCTGGAGGACTGACACCT
>chr1   chr1-26 233336762   +
AGATATACAGCAAAGTTTGAAAGCTACAGTTCTGAGGACCAGATTTATGGATTCCTTCTTATATGTTATCTGGGTTGATATAGAAATTCTTCCATGGCTA
AGATATACAGCAAAGTTTGAAAGCTACAGTTCTGAGGACCATATTTATGGATTCCTTCTTATATGTTATCTGGGTTGATATAGAAATTCTTCCATGGCTA
>chr1   chr1-25 96853884    +
GCCATTCTAACTGGTGTGAGATGGTATCTCATTGTGGTTTTGATTTGCATTTCTCTGATGGCCAGTGATGGTGAGCATTTTTTCATGTGTTTTTTGGCTG
GCCATTCTAACTGGTGTGAGATGGTATCTCATTGTGGTTTTGATTTGCATTTCTCTGATGGCCAGTGATGGTGAGCATTTTTTCATGTGTTTTTTGGCTG
>chr1   chr1-24 235841968   +
GTTGGCTACTAGCTTAGCAGAGGTGGAAAACCATGAATTTCTGGTGGTATGGATTTTTTCAGCTATTTCAGATTCACCAGCAGGATTCAGCTGCTTGGGT
GTTGGCTACTAGCTTAGCAGAGGTGCAAAACCATGAATTTCTGGTGGTATGGATTTTTTCAGCTATTTCAGATTCACCAGCAGGATCCAGCTGCTTGGGT
>chr1   chr1-23 96545357    +
AGTGAAAAAGGCTGGCTGCCCTTCAATATCATCTTCAAATGTTAACAACACTGAATATTAATAAATTTCCTTTAGCGAATAATGAATCCAGCCTTCCTTA
AGTGAAAAAGGCTGGCTGCCCTTCAATATCATCTTCAAATGTTAACAACACTGAATATTAATAAATTTCCTTTAGCGAATAATGAATCCAGCCTTCCTTA
>chr1   chr1-22 80270678    +
TTGTACACCCTATTTCTGACCAGAAGAAGGAGCATTTTGCTTTTTGCCAAATGAGAAGTGCATTCTGGAAACACTTGATGCCTGCACCACACCTCGAGTT
TTGTACACCCTATTTCTGACCAGAAGAAGGAGCATTTTGCTTTTTGCCAAATGAGAAGTGCATTCTGGAAACACTTGATGCCTGCACCACACCTCGAGTT
>chr1   chr1-21 35923260    +
CTAAGCAGCAGTGTTTTTGGATACTTTTTTTTTCTGTTTGTGAATAAGGCCAGCACTCAAGATGGGCAGCCAAGGGTGCACTGACTATTAGCTGGCCCAT
CTAAGCAGCAGTGTTTTTGGATACTTTTTTTTTCTGTTTGTGAATAAGGCCAGCACTCAAGATGGGCAGCCAAGGGTGCACTGACTATTAGCTGGCCCAT
>chr1   chr1-20 136467133   -
ACTGTGCCTGGCCTTTTTTTTTCTTTTTCTTTTTTTTACACTCTCATGTTAAAAAAAAATCTGTCCTTGTTACTATATAGATGTGCATAGTTCATTCCCT
ACTGTGCCTGGCCTTTTTTTTTCTTTTTCTTTTTTTTACACTCTCATGTTAAAAAAAAATCTGTCCCTGTTACTATATAGATGTGCATAGTTCATTCCCT
>chr1   chr1-19 160371243   +
AGGCCCTGGGCACAGGCAGAGAGCCCACCGGCTGGTCATGAGGGCCTCTTCCTTTCTCTGACCCAGGCACCTCGAGGGCTATTCTCCTGGGTTCCTTCCG
AGGCCCTGGGCACAGGCAGAGAGCCCACCGGCTGGTCATGAGGGCCTCTTCCTTTCTCTGACCCAGGCACCTCGAGGGCTCTTCTCCTGGGTTCCTTCCG
>chr1   chr1-18 69100488    -
AGTGCTGGTATTACAGGTGTGAGCCACTGTGCCTGGTCAGCAGTACTTCACTGCTATAATTTTACAACTTTTAAAGATAACCTAATTTATTTTAATTGCT
AGTGCTGGTATTACAGGTGTGAGCCACTGTGCCTGGTCAACAGTACTTCACTGCTATAATTTTACAACTTTTAAAGATACCCTAATTTATTTTAATTGCT
>chr1   chr1-17 41500328    -
GGAGTGAAATAATGAAAATATATATATTTCTTAATTTTTTGTTTTCATAATTGGAAAGTGACCTATAGGTCACTCTTTAACCTTTCCAATCATAAGAACC
GGAGTGAAATAATGAAAATATATATATTTCTTAATTTTTTGTTTTCATAATTGGAAAGTGACCTATAGGTCACTCTTTAACCTTTCCAATCATAAGAACC
>chr1   chr1-16 114154602   +
TGTATCTTTCTGCTAAGCATAACAAGAAAGACAGAAAGCTCAACGGGAGGATTGAGGCTAGACTTAAAGTAGAGATCCCCTCAGAAACTGTGGAGTGAGG
TGTATCTTTCTGCTAAGCATAACAAGAAAGACAGAAAGCTCAACGGGAGGATTGAGGCTAGACTTAAAGTAGAGATCCCCTCAGAAACTGTGGAGTGAGG
>chr1   chr1-15 79188743    -
TGCCTAGAGTGTCAAACATCCTTTATCATTTTAAAATCTAAACTCCAAAATCCTTCCTATTAGGGCCTTTCCTCCCTCGTTTCCTTTCCTCTCCCCCACC
TGCCTAGAGTGTCAAACAACCTTTATCATTTTAAAATCTAAACTCCAAAATCCTCCCTATTAGGGCCTTTCCTCCCTCGTTTCCTTTCCTCTCCCCCACC
>chr1   chr1-14 117644125   +
GCATTTCATTGTGGACTAATTTTCCCCCACTATTGAGGGAAGACCCTTTTGAGTACTCTATCTGATGCCCCATGAATGATAAAGTTTTATACTCTGGCTG
GCATTTCATTGTGGACTAATTTTCCCCCACTATTGAGGGAAGACCCTTTTGAGTACTCTATCTGATGCCCCATGAATGATAAAGTTTTATACTCTGGCTG
>chr1   chr1-13 104996993   +
TTCTTGCTGGAACACATGGTTTCACCTTTACCTTCACCCACAGCCCAATGTGCATCAATATGGAGATAATGCAGTTCCATTTGTACCTCTTTGTGATTCA
TTCTTGCTGGAACACATGTTTTCACCTTTACCTTCACCCACAGCCCAATGTGCATCAATATGGAGATAATGCAGTTCCATTTATACCTCTTTGTGGTTCA
>chr1   chr1-12 140338618   -
TTTCTTCATTTGGTTTTCAGGACAGGACTCTGCTTTGCTTTCCTCCTCTGATCACACTGGTGGTTTCTTTGCTCATTCTTCTTCCCAATCTCCCCGACCT
TTTCTTCATTTGGTTTTCAGGACAGGACTCTGCTTTGCTTTCCTCCTCTGATCACACTGGTGGTTTCTTTGCTCATTCTTCTTCCCAATCTCCCCGACCT
>chr1   chr1-11 176870999   -
GCAGACTCAATAATTGGCTATGATAACAAATACTCTTTCACATACCAGGGACAACAATATTAACTCTGGAATATTATTTTAAACATTTTCAAGGCTAGTA
GCAGACTCAAGAATTGGCTATGATAACAAATACTCTTTAACATACCAGGGACAACAATATTAACTCTGGAATATTATTTTAAACATTTTCAAGGCTAGTA
>chr1   chr1-10 34644993    -
AGTCCAGAATTCTGAGTCTGTGAGTTTACACCTTCCAACAGTGATAATCAGATATCAAGCTTGAAGACTACCAACAAAAGTGGACCAAATAGGGATCATC
AGTCCAGAATTCTGAGTCTGTGAGTTTACACCTTCCAACAGTGATAATCAGATATCAAGCTTGAAGACTACCAACAAAAGTGGACCAAATAGGGATCACC
>chr1   chr1-9  152012628   +
AAGCAATTCTCTTGCTTTAGCCTCCCGAGAAGCTCGGATTACAGGCATGTCCACCACACCCAGCTAATTCTTTTGTATTTTTAGTAGACATGGGGTTTTG
AAGCAATTCTCTTGCTTTAGCCTCCCGAGAAGCTCGGATTACAGGCATGTCCACCACACCCAGCTAATTCTTTTGTATTTTTAGTAGACATGGGGTTTTG
>chr1   chr1-8  79478959    +
GGCAACACTTGAGAACACAAAGTGAGTTCTCACTTTGGGCGGTGGTTTCAGGCTTCAGGGTGGAGTTTTGTCAGGAACCCACCCTTTTCTGCCTAGAATT
GGCAACACTTGAGAACACAAAGTGAGTTCTCACTTTGGGCGGTGGTTTCAGGCTTCAGGGTGGAGTTTTGTCAGGAACCCAACCTTTTCTGCCTAGAATT
>chr1   chr1-7  178190760   +
GTAGCCGGAATAAACAGTCACTGTGAGTTGTCCATTTTAGAGCATAGGTTTTTAGGTGGTGAAGACCTGTCCTTAGTTGAATTTGTATGTGAATTAAACT
GTAGCCGGAATAAACAGTCACTGTGAGTTGTCCATTTTAGAGCATAGGTTTTCAGGTGGTGAAGACCTGTCCTTAGTTGAATTTGTATGTGAATTAAACT
>chr1   chr1-6  42572410    +
AACCCTTTATCAGGTATGTATTATAAACATCGACTCTGTGGCTTGCATTTTCATTCTCCTTATATATCTTTTGATGAATCAAAGTTTTTAATTTTAATAT
AACCCTTTATCAGGTATGTATTATAAACATCGACTCTGTGGCTTGCATTTTCATTCTCCTTATATATCTTTTGATGAATCAAAGTTTTTAATTTGAATAT
>chr1   chr1-5  153186634   +
GTCTTGACTCTTTATCCACTTTGCCAGTCTGTGTCTTGTAATTGGGGCATTTAGCCTATTTACATTTAAGGTTAATATTGTTATGTGTGAATTTGATCCT
GTCTTGACTCTTTATCCACTTTGCCAGTCTGTGTCTTGTAATTGGGGCATTTAGCCTATTTACATTTAAGGTTAATATTGTTATGTGTGAATTTGATCCT
>chr1   chr1-4  127714516   -
AGTGGAAATAATACTCGTCAACATATGCCTTTCAAAAAAATTTTTTTTCATATTTTAAATTTACCTTTACTACCTATTTATTTGGTTCAAGGCTCCATTT
AGTGGAAATAATACTCGTCAACATATGCCTTTCAAAAAAATTTTTTTTCATATTTTAAATTTACCTTTACTACCTATTTATTTGGTTCAAGGCTCCATTT
>chr1   chr1-3  84685020    +
TATTATTAAAACTATAAATGGACCAATTAAACAAACGTGTCATGAGCCAAGGAATATAAACTAATTCTTTACACCTGAAGTCCTTTAAAATGCTTTAAAT
TATTATTAAAACTATAAATGGACCAATTAAACAAACGTGTCATGAGCCAAGGAATATAAACTAATTCTTTACACCTGAAGTCCTTTAAAATGATTTAATT
>chr1   chr1-2  62477841    +
TAGGAAAATGGAGAAACTTTAATATGAAATCTTCCTGTTTTTCACATTATGTTTAGATTGTTACAGCATAAAATTTCCAAAACATTGCAAAAAGTTTTAA
TAGGAAAATGGAGAAACTTTAATATGAAATCTTCCTGTTTTTCACATTATGTTTAGATTGTTACAGCATAAAATTTCAGAAACATTGCAAAAAGTTTTAA
>chr1   chr1-1  11355149    +
ATTTATTGGCTGTCTTTCAGGCACATTTTAGCTGTCATCCAACATTCTCAACCTTAGTCCCCTTCTCTGGGCTAAGGGGAGAATGATGGTCCTACCCCAG
ATTTATTGGCTGTCTTTCAGGCACATTTTAGCTGTCATCCAACATTCTCAACCTTAGTCCCCTTCTCTGGGCTAAGGGGAGAATGATGGTCCTACCCCAG

（编辑：核心网）

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